Οι πιέσεις που δέχονται τα υπόγεια υδατικά συστήματα της Θεσσαλίας, από την άντληση των αποθεμάτων τους για την κάλυψη των αναγκών της περιοχής σε νερό, αποτελούν τον κύριο λόγο επιδείνωσης της ποσοτικής τους κατάστασης, ενώ συχνά η απόληψη αυτή επιτείνει ή και αποτελεί σε κάποιες περιπτώσεις το γενεσιουργό αίτιο υποβάθμισης και της ποιοτικής τους κατάστασης. Το αντλούμενο νερό χρησιμοποιείται κυρίως για άρδευση των γεωργικών εκτάσεων όπως επίσης και για την ύδρευση, βιομηχανία και σε μικρό βαθμό για την κτηνοτροφία.

Από την 10ετία του 80, είχε επισημανθεί ότι η άρδευση με υπόγεια νερά γεωτρήσεων σε ορισμένες περιοχές της Θεσσαλίας – όπως η ευρύτερη περιοχή Χάλκης-Κιλελέρ- Φαρσάλων, ΝΔ τμήμα Καρδίτσας, κ.α - αγγίζει τα όρια της υπερεκμετάλλευσης, με πτώση της στάθμης που ξεπερνούσε τότε τα 30 μέτρα. Παρότι επισημάνθηκαν από τότε οι κίνδυνοι, επειδή δεν υπήρχε μακροπρόθεσμη στρατηγική διαχείρισης των υδατικών πόρων της Θεσσαλίας, ούτε πολιτική βούληση, αλλά ούτε & κοινωνική αποδοχή, η κατάσταση επιδεινώθηκε ακόμη περισσότερο, όπως διαπιστώνουν και τα Σχέδια Διαχείρισης Υδάτων Θεσσαλίας που πρόσφατα (2015) εγκρίθηκαν.